Przyspieszenie przeciągania obrazu - powoduje, że nawigacja w głównym oknie jest bardziej efektywna, przez przesuwanie obrazu szybciej od myszy.

Wygląd podpowiedzi - pozwala zdecydować, gdzie będą pojawiać się podpowiedzi, gdy umieścisz kursor na elemencie kontrolnym interfejsu (suwak, przycisk itp.).

Pokaż wyniki pośrednie podczas przeliczania - opcja włącza odświeżanie ekranu podczas przetwarzania. Uwaga: wydłuża czas obróbki o około 30%!

Automatycznie popraw kolejność obrazów w stosie - powoduje ustawienie obrazów w kolejności, przy której nie pojawiają się artefakty na brzegach, tzn. najbliższy obraz jest przetwarzany jako pierwszy.

Odtwarzaj dźwięki zdarzeń - opcja włącza "bip" po długich operacjach.

Pomijaj informację EXIF - opcja przydaje się, gdy nie chcesz przenosić informacji EXIF do obrazu wynikowego.

Parametry tej grupy określają, w jaki sposób będą dopasowywane sąsiednie obrazy w stosie.

Pozycja w pionie - określa maksymalne przesunięcie pionowe między obrazami w procentach ich szerokości.

Pozycja w poziomie - określa maksymalne przesunięcie poziome między obrazami w procentach ich szerokości.

Obrót - określa maksymalny kąt obrotu między obrazami, w stopniach kątowych. Zwykle nie jest to potrzebne dla zdjęć z mikroskopu.

Powiększenie - określa maksymalną różnicę wielkości między obrazami w procentach ich szerokości..

Jasność - określa, czy jasność sąsiednich obrazów ma być normalizowana i w jakim stopniu.

Pozycja w pionie - określa, na ile program może modyfikować pozycję obrazu w pionie.

Pozycja w poziomie - określa, na ile program może modyfikować pozycję obrazu w poziomie.

Włącz Cache obrazów RAW - zezwolenie na tworzenie tymczasowych plików TIFF w celu szybszego otwierania plików RAW.

Włącz Cache miniaturek - opcja zezwala na tworzenie miniaturek obrazów, pozwalających szybciej przeglądać zawartość folderów.

Panel nawigacji otwiera się komendą menu Pokaż->Panel nawigacji.

W panelu nawigacji, po kliknięciu na ikonę menu () lub po prawym kliknięciu na obrazie, można przeprowadzać następujące operacje :

Zaznacz wszystkie zaznacza wszystkie obrazy w folderze.

Odznacz wszystkie - likwiduje wszystkie zaznaczenia - żaden obraz nie pozostaje wybrany.

Odwróć zaznaczenie - zamienia stan zaznaczenia obrazu na przeciwny (wybrany->niewybrany, niewybrany->wybrany).

Zmień nazwę wybranych - pozwala na zmianę nazwy jednego lub grupy plików przy użyciu wzorca nazwy. Możesz na przykład przemianować wszystkie swoje pliki w taki sposób: "2005.06.25-The Beach (13)", tak, że pliki będą zawsze pokazywać się w kolejności chronologicznej (według dat).

Kopiuj wybrane - kopiuje zaznaczone pliki do wybranego folderu.

Przenieś wybrane przenosi zaznaczone pliki do wybranego folderu.

Usuń wybrane przenosi zaznaczone pliki do kosza.

Obrót bezstratny - komendy te obracają obraz i zapisują pod oryginalną datą i czasem. Operacja ta jest bezstratna, więc jakość obrazu JPEG nie pogarsza się. Plików RAW nie da się obracać przy użyciu tych komend.

Auto-obrót (bezstratny) - komenda analizuje obraz i próbuje określić jego orientację. Program zakłada, że górna część obrazu powinna być jaśniejsza od dolnej. Program sprawdza jedynie obrazy w oryginalnym, poziomym ułożeniu i pomija obrazy już obrócone.

Odśwież - komenda aktualizuje miniaturki, może się przydać po ręcznym usunięciu lub zmianie nazw plików poza programem Helicon.

Poprzednie foldery - komenda (dostępna na panelu nawigacyjnym ) pamięta listę folderów, z których ostatnio otwierano obrazy.

Drzewko folderów - komenda (dostępna na panelu nawigacyjnym ) otwiera listę ze strukturą folderów, na której można się zorientować, który folder jest otwarty i można łatwo wybrać inny folder.

Folder nadrzędny - komenda (dostępna na panelu nawigacyjnym ) pozwala przenieść się do folderu nadrzędnego. Wszystkie zaznaczenia w aktualnym folderze znikają.

Małe/Normalne miniaturki - komenda (dostępna na panelu nawigacyjnym ) zmienia pionowy wymiar miniaturek w oknie nawigacyjnym.